1、知识产权技术含量不高
实用新型专利通过的周期为一年左右，发明专利通过的周期更长，需要一年半到三年。很多企业的知识产权数量不够，但急于在当年申请高新认定，由于软件著作权申请的周期较短，所以在中介公司的建议下选择了软件著作权。但是大部分企业并非软件类企业，纯粹为了申报高新认定而申请软件著作权，与核心产品的关联性较低，这会导致知识产权相关项的评分很低，也会牵连到其他项目的评分。笔者还是建议提前做好准备，采用发明专利或实用新型专利作为申请国家高新认定的知识产权。
2、科技成果与产品关联性低
新的工作指引中对科技成果转化能力的打分是由技术专家对企业科技成果转化的总体情况进行综合评价，没有明确统一的衡量标准，对企业来说，成果转化多多益善是一方面，成果、产品之间的关联与有效转化也是高分的重点。
技术成果是什么、怎么转化的、应用在哪个产品中、应用的效果如何、是否产生收益等，都是企业需要详尽描述的要点，部分企业“强行转化”，知识产权跟项目、产品严重不匹配，成果与产品几乎无关联，这样认定失败也就在所难免。
新的工作指引加强了企业对社保人员的检查力度，而不少新成立的公司为了节省费用，核心创业人员甚至初创团队的员工往往都不交社保，将钱省下来用于产品研发、生产、销售。
另外，近两年新成立的企业多以技技术人才创办为主，这类企业技术方面比较领先，但财务管理方面就相对松散。由于线上支付的发展，现在很多企业线上收款，钱直接进入公司账户，即使进入公司账户也很少开票，导致账目混乱。这两个问题会导致大量扣分。
4、缺乏申报资料编写经验
对于中小型企业和初次申报的企业来说，对具体政策理解不够透彻，对申报过程不熟悉以及编写申报材料经验不足也是一大难关。研发人员不清楚研发项目怎么归类，缺乏科学的设计和安排，照搬专利说明书；财务人员未设置研发支出辅助账，数据前后不一致，企业审计报表与纳税申报表不一致未作说明。另外，资料的技术性不强，产品描述不清楚，科技成果佐证材料过于简单，也会造成评审过程大量扣分。
5．高新收入指标不达标
高新技术产品收入是指企业形成的符合《国家重点支持的高新技术领域》要求的产品收入与技术性收入的总和。如果近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例低于60%，意味着企业不符合根本性条件。
例如，某公司符合条件的高新技术产品共有6个，其收入占企业当年总收入的47%，没有达到比例要求的60%以上，所以不满足高企申报条件。后调整了业务线，在第二年成功通过高新认定。
6．高新技术及产品的领域不符合要求
企业如果生产的是国家违禁品，如康泰克，从药物中提取麻黄碱，即使技术很高、很精密，也不能申报高企。
7．研发费用归集不合理
在很多制造类企业的研发费中，人工费用占研发费用总额的比例过高，超过60%，费用绝对额大。非软件类企业人员人工费比例过高，研发费用归集不合理。研发费用归集不合理会直接导致高企申报失败。
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